З метою забезпечення ефективності лікувально – діагностичного процесу
комунальне некомерційне підприємство «Міська дитяча поліклініка № 2» Харківської міської ради
співпрацює з іншими закладами охорони здоров’я міста Харкова:
- Кафедра педіатрії №1 та неонатології Харківського національного медичного університету
- Комунальне некомерційне підприємство «Обласна дитяча клінічна лікарня» Харківської міської ради
- Комунальне некомерційне підприємство «Обласна дитяча клінічна лікарня № 1» Харківської міської ради
- Комунальне некомерційне підприємство «Міська дитяча лікарня № 5» Харківської міської ради
- Комунальне некомерційне підприємство «Міська клінічна дитяча лікарня № 16» Харківської міської ради
- Комунальне некомерційне підприємство «Міська дитяча клінічна лікарня № 19» Харківської міської ради
- Комунальне некомерційне підприємство «Міська дитяча клінічна лікарня № 24» Харківської міської ради
- ДУ «Інститут охорони здоров’я дітей та підлітків АМН України»
- ДУ «Інститут патології хребта і суглобів ім. проф. М.І. Сітенка АМН України»
та інші медичні заклади та установи.